Удивляюсь, с чего все взяли, что Аленко старше по званию Шепарда?
Взять ту же Deep Spaсe-9. Там коммандер Сиско - начальник, а майор Кира - зам. Потом Сиско получил капитана, а Кира - полковника. Разные армейские звания из разных родов войск, но ясно, что майор в этой ситуации был ниже коммандера. Никто не стал бы унижать Киру, отдавая её под начало человеку младше по званию.
В МЭ явно то же самое. Коммандер из N-7 будет старше в ранге, чем армейский майор.